Podunajská nížina je využívaná na poľnohospodárstvo. Aj napriek tomu sa tu zachovalo dostatok prírodne hodnotných území. V okolí rieky Dunaj sa vyskytujú mokrade, ktoré svojim významom presahujú národný význam a ich ochrana je potrebná v celoeurópskom rozsahu. Nájdeme tu rôzne typy mokradí, tečúce vody, či štrkoviská.
Územie tak poskytuje životný priestor pre mnohé stepné druhy vtákov, ktoré sú vzácne napríklad sú sokol kobcovitý alebo krakľa belasá. V lužných lesov žije bocian čierny a stretnúť sa môžeme aj s orliakom morským.
Svoj význam má aj pestrá poľnohospodárska krajina. Hniezdia tu vzácne vtáky, ktoré z nášho prostredia miznú. Miesta na život tu nájdu tu aj druhy, ktoré prilietajú zo severu prečkať nepriaznivé obdobie. V rámci Podunajska napríklad zimujú populácie severských divých husí.
.Medzi nápadný hmyz lužného lesa patria vážky. Vyskytuje sa ich tu niekoľko desiatok druhov. Typickým druhom veľkých mŕtvych ramien je vážka dvojškvrnová , ktorej najväčší výskyt na Slovensku je zaznamenaný práve okolo Dunaja.
V starých stromoch žijú zaujímavé chrobáky, napríklad fuzáč veľký a tiež najväčší európsky chrobák, roháč obyčajný. Za pozornosť stoja aj iné druhy hmyzu, v pôde je možné pozorovať drobčíka, ktorý je známy iba z dunajských lužných.
Bohatá je aj fauna rýb. Dôvodom je rozsiahlosť a rôznorodosť vodných plôch, od prudko tečúcich, cez pomaly tečúce, či stojaté a aj rôzne vysychajúce . Zaujímavý je napríklad pôvodný divý kapor, v menších a vysychajúcich mokradiach sa nachádza vzácny blatniak tmavý.
V hlavnom toku Dunaja žije hlavátka podunajská. Lužné lesy obývajú aj obojživelníky. Napríklad mlok obyčajný a vo väčších mokradiach sa nachádza mlok dunajský, rosnička zelená, ktorá ako dospelá žije aj v kríkoch, či na stromoch rastúcich ďalej od vody. Rovnako mimo vodného prostredia sa nachádzajú i dospelé skokany štíhle a skokany ostropyské. Žijú v lesnom podraste. Hlbšie vody sú ideálne na rozmnožovanie pre ropuchu obyčajnú. Z plazov sa tu najčastejšie vyskytuje užovka obojková .
Dunajské luhy obývajú aj vtáky. Najviac sa ich nachádza v starých lesných porastoch, napríklad penica čiernohlavá. škorec obyčajný , kukučka jarabá a aj ďateľ prostredný.
Na starých stromoch v pokojných skrytých lokalitách hniezdi bocian čierny. V lužných lesoch našiel domovom aj typický dravec lužných lesov, haja tmavá. Haja tmavá hniezdi vysoko v korunách stromoch na odľahlých miestach, najradšej na neprístupných ostrovoch. Živí sa drobnými hlodavcami a aj zdochlinami, ktoré hľadá na vode.
Dunajská oblasť je významné zimovisko vodných druhov a významné odpočinkové miesto počas ich jarných a jesenných migrácií. Na území sa zhromažďujú husi, volavky, kormorány, potápky, čajky, labute a aj viaceré druhy kačíc.
Z cicavcov tu prežíva jež, kuna lesná , líška obyčajná, jazvec lesný aj sviňa divá. V dutinách starých stromov nachádzajú svoje úkryty netopiere. V poslednom období sa tu rozšíril bobor vodný, ktorý bol v minulosti na Slovensku vyhubený.